En el año 920 Galindo Aznarez II, conde de Aragón, conquistó las tierras al Sur del río Aragón, llegando hasta la sierra de San Juan de la Peña, en la que fundó un monasterio, dedicado a los santos Julián y Basilisa y fue levantado en el mismo lugar en que vivieron los antiguos ermitaños.

Sobre este monasterio Sancho Ramírez (segundo rey de Aragón) creó el de San Juan de la Peña para panteón de los reyes de Aragón, lo dotó con inmensos dominios territoriales y comenzó la construcción de la Iglesia alta. En 1071 se celebró por última vez en España el antiguo rito hispanovisigótico, introduciéndose a partir de entonces el de la Iglesia romana.